Организацијата на работата на Центарот се заснова врз начелата на достапност, рационалност, ефикасност и континуираност на здравствената заштита.
1) Одделение за хигиена со здравствена екологија:
– Отсек за санитарни прегледи, училишна хигиена и исхрана.
– Отсек за комунална хигиена, безбедност на храна и санитарно-хемиска лабораторија.
2) Одделение за епидемиологија:
– Отсек за дезинфекција, дезинсекција и дератизација.
– Отсек за превенција и контрола на заразни болести.
3) Одделение за микробиологија со паразитологија:
– Отсек за бактериологија, серологија и паразитологија.
– Отсек за санитарна микробиологија.
4) Одделение за социјална медицина со организација на здравствена дејност.
За вршење на правни, сметководсвено-финансиски, административно-стручни и општи работи во Центарот се организираат внатрешни организациони единици согласно прописите на администативни службеници и вработените во јавниот сектор.